辐鳍鱼纲 (16144)
鲈形目
金眼鲷目
鲱形目
海鲂目
鲻形目
鲀形目
胡瓜鱼目
灯笼鱼目
鳕形目
鲽形目
蟾鱼目
鲉形目
巨口鱼目
裸背鱼目
银汉鱼目
背棘鱼目
狗鱼目
鲸口鱼目
喉盘鱼目
月鱼目
鼬鱼目
雀鳝目
海龙目
鼠鱚目
鲤形目
仙女鱼目
棘背鱼目
奇鲷目
辫鱼目
鳗鲡目
骨舌鱼目
鳉形目
鲟形目
海鲢目
鲑鲈目
鮟鱇目
囊鳃鳗目
北梭鱼目
鲑形目
弓鳍鱼目
脂鲤目
多鳍目
鲇形目
合鳃目
颌针鱼目
须鳂目
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台湾蜥鳗(Saurenchelys taiwanensis)
海洋 深海区的; 深度上下限 1043 - 1102 m . 深海 深海鱼种。以小型虾类、鱼类等为食。
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台湾腔吻鳕(Coelorinchus formosanus)
海洋 底中水层性; 非迁移的; 深度上下限 200 - 300 m . 深水域; 42°N - 17°N, 109°E - 146°E 深海、砂泥底 主要栖息于水深200-450公尺之泥砂底质的海域，底栖肉食性鱼类，以小型虾蟹为主食。
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台湾白甲鱼(Onychostoma barbatulum)
淡水 底中水层性. 亚热带的 纯淡水 初级淡水鱼。栖息于河川上游水质冷而清澈的水域，但对环境的适应力远甚于冷水性之虹鳟。以落差稍大的河川较多，藏身于深潭或石缝间。以附着于石头上的藻类为主食，也摄取小型之无嵴椎动物。
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台湾狗母鱼(Synodus taiwanensis)
海洋 底中水层性; 深度上下限 ? - 80 m . 深海、礁区 主要栖息于深海礁区海域，栖息深度可达80公尺间。肉食性鱼，经常停栖于礁区之硬质底质区，利用身上多变的花纹做为伪装，伺机捕食猎物；有时会以头朝下的姿态隐身于斜坡上，等候漫不经心的猎物游过来时，一跃而捕食之。
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台湾梅茨鱼(Metzia formosae)
淡水 底中水层性. 亚热带的 纯淡水 初级淡水鱼。栖息于平原河川中下游缓流的潭区以及湖沼的中上层水域，尤其是透明度较低之半封闭且优氧化水域，喜藏身于水生植物繁生处。杂食性，以有机碎屑、水生昆虫、浮游动植物等为食。
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台湾栉眼虾虎(Ctenogobiops formosa)
海洋 礁区鱼类; 深度上下限 9 - 12 m . 亚热带的 近海沿岸 暖水性沿岸底层小型鱼类，栖息于珊瑚礁区的沙地中，与枪虾营共生生活。杂食性，以藻类及底栖生物为食。
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台湾拟鲆(Parabothus taiwanensis)
海洋 居于水底的. 亚热带的 砂泥底、近海沿岸 主要栖息于大陆棚砂泥质的海域。肉食性鱼类，主要捕食底栖性的甲壳类或是其它种类的小鱼。
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台湾小骨鰧(Osopsaron formosensis)
海洋 居于水底的. 亚热带的 深海、砂泥底、近海沿岸 主要栖息于大陆棚上。栖息深度在100-300公尺间。
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台湾姬鱼(Hime formosana)
海洋 居于水底的. 亚热带的
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台湾园鳗(Gorgasia taiwanensis)
海洋 居于水底的; 非迁移的; 深度上下限 14 - 22 m . 亚热带的 砂泥底 栖息于珊瑚礁沙质底海域，会利用尖且较硬的尾部钻沙，将身体埋在沙洞中，露出头部及一小部分身体随海流晃动，主要摄食小型浮游生物，通常为独居性群体生活。
